技術文獻
技(jì)術文(wén)獻
一,實驗(yàn)前(qián)準(zhǔn)備
1. 核心材(cái)料(liào)
高濃(nóng)度(dù)cDNA模板(bǎn):豬T細胞(如IFN-γ刺激組,CCL5高(gāo)表達(dá))的(dí)cDNA,濃(nóng)度(dù)需≥100 ng/μL(通過(guò)NanoDrop檢測A260值(zhí),1 OD≈40 μg/μL RNA,反轉錄效(xiào)率按80%計(jì)算(suàn),cDNA濃(nóng)度≈32 ng/μL,需濃(nóng)縮或增加(jiā)細胞用量(liáng));
稀釋(shì)液(yè):無核(hé)酸(suān)酶水(DEPC水(shuǐ)配(pèi)製,pH 7.0-7.5)或TE緩衝液(10 mM Tris-HCl, 1 mM EDTA,pH 8.0,避免cDNA降(jiàng)解(jiě));
耗(hào)材:低吸(xī)附PCR管(減少(shǎo)cDNA吸(xī)附損(sǔn)失),移(yí)液器(校(xiào)準過(guò),精度(dù)±1%),槍頭(無(wú)DNase/RNase)。
2. 濃度計(jì)算(suàn)
假(jiǎ)設高濃(nóng)度cDNA初(chū)始濃度(dù)為 C₀ = 100 ng/μL,目標(biāo)梯度(dù)為 10⁵,10⁴,10³,10²,10¹ 拷貝/μL(適(shì)配(pèi)qPCR綫(xiàn)性檢測範圍),需先(xiān)計(jì)算(suàn)拷(kǎo)貝數(shù)濃(nóng)度(dù):
豬CCL5基(jī)因片(piàn)段長度(dù)(以qPCR產(chǎn)物100 bp計):100 bp;
,分(fēn)子量(liáng)≈660 g/mol/bp,100 bp片(piàn)段分(fēn)子量≈66000 g/mol);
因此(cǐ),100 ng/μL cDNA ≈ 1.5×10¹¹ 拷貝/μL。
二,梯度稀釋操(cāo)作步(bù)驟
步(bù)驟1:製備中間稀釋(shì)液(yè)(10⁶ 拷貝/μL)
取(qǔ)高濃度cDNA 0.67 μL(含67 ng,≈1×10¹⁰ 拷貝(bèi)),加入無(wú)核(hé)酸(suān)酶水 99.33 μL,混(hùn)匀(yún);
最終濃度(dù):1×10¹⁰ 拷(kǎo)貝 / 100 μL = 10⁸ 拷貝/μL(中間液1)。
步驟2:係列(liè)梯度(dù)稀釋(shì)(10⁵-10¹ 拷貝/μL)
采(cǎi)用(yòng)10倍梯度稀釋法,每(měi)步取10 μL上一(yī)級(jí)稀釋液(yè),加入90 μL無核(hé)酸酶(méi)水,混匀(yún):
步(bù)驟3:qPCR模(mó)板(bǎn)分裝
每(měi)個(gè)梯(tī)度(10⁵-10¹ 拷貝(bèi)/μL)取10 μL,加入90 μL無核(hé)酸(suān)酶水(shuǐ),配製成10×工作液(yè);
取1 μL工作(zuò)液(相當(dāng)於10⁴-10⁰ 拷貝/反(fǎn)應),加(jiā)入qPCR體係(20 μL),作為標(biāo)準曲(qū)綫(xiàn)模板。
三,關鍵(jiàn)注(zhù)意事(shì)項
避免(miǎn)交(jiāo)叉汙染(rǎn):
每步稀釋(shì)使用(yòng)新槍(qiāng)頭(tóu),從高濃度(dù)到低濃度單(dān)向(xiàng)操(cāo)作(zuò);
稀釋(shì)液,PCR管需無菌無核酸酶,操(cāo)作(zuò)在超淨工作台(tái)進行。
濃度準確性(xìng)驗證:
用NanoDrop檢測(cè)中(zhōng)間液濃(nóng)度(A260值(zhí)),確(què)保10倍(bèi)稀(xī)釋(shì)比(bǐ)例準確;
若cDNA初始濃度(dù)不(bù)足,可(kě)增(zēng)加細(xì)胞用量(liáng)(如1×10⁷個豬(zhū)T細(xì)胞提(tí)取RNA,反轉(zhuǎn)錄獲得更高(gāo)濃度(dù)cDNA)。
豬物(wù)種特性適(shì)配:
豬(zhū)T細胞cDNA穩定性較差,梯(tī)度(dù)稀釋後需立(lì)即使用,或(huò)-80℃分(fēn)裝保存(避免(miǎn)反復凍融);
若樣本為(wéi)組(zǔ)織(zhī)匀(yún)漿(如(rú)豬淋巴結),需先提取總RNA,反轉錄為(wéi)cDNA,再按(àn)上述步(bù)驟(zhòu)稀釋。
qPCR體係適(shì)配(pèi):
標(biāo)準曲綫模(mó)板濃度需覆蓋qPCR綫性(xìng)檢測範(fàn)圍(wéi)(通常10¹-10⁶ 拷貝/反應(yīng)),若10¹ 拷貝組無(wú)擴增(zēng),需(xū)調整梯度(如(rú)改為(wéi)10⁶-10² 拷貝/μL)。
四(sì),常見(jiàn)問(wèn)題與(yǔ)解決方(fāng)案
